O Hibernate não gera índices para as colunas de chaves estrangeiras, nos banco de dados Oracle e Postgres. No mysql por ser obrigatório ter índice na chave estrangeira o hibernate gera.
Referências
http://stackoverflow.com/questions/2970193/getting-hibernate-to-generate-indexes-on-foreign-keys
http://blog.pdark.de/2009/12/15/finding-unindexed-foreign-key-columns/